Cuando Shrek y la princesa Fiona regresan de su luna de miel, los padres de ella los invitan a visitar el reino de Muy Muy Lejano para celebrar la boda. Para Shrek, al que nunca abandona su fiel amigo Asno, esto constituye un gran problema. Los padres de Fiona, por su parte, no esperaban que su yerno tuviera un aspecto semejante y, mucho menos, que su hija hubiera cambiado tanto. Todo esto trastoca los planes del rey respecto al futuro del reino. Pero entonces entran en escena la maquiavélica Hada Madrina, su arrogante hijo el Príncipe Encantador y un minino muy especial: el Gato con Botas, experto cazador de ogros.

Un día como todos los demás, Alexander se levanta y nota que tiene algo pegajoso en el pelo, anoche se acostó con un chicle en la boca y ahora lo tiene extendido por la cabeza. Cuando el pequeño se levanta de la cama tropieza con el patín y se hace un moratón, después se le cae el jersey mientras el agua salía del grifo. En este momento, Alexander se da cuenta de que no va a ser un buen día, sino terrible, horrible, espantoso y horroroso. Pero su día no ha hecho nada más que empezar y todavía puede cambiar para peor o para mejor.

Shrek se casó con Fiona, pero lo que no tuvo en cuenta es que al casarse con una princesa... tarde o temprano uno termina siendo rey. Cuando su suegro, el Rey Harold, cae enfermo, Shrek se encuentra en riesgo de tener que abandonar su amado pantano por el trono. A menos claro que encuentre un heredero. Junto con Asno y el Gato con Botas, Shrek viaja para en busca del primo de Fiona, Arturo. Mientras, en Muy Muy Lejano, el Principe Encantador recluta un ejército de villanos de cuento para tomar el trono por la fuerza. Pero no cuentan con que Fiona y la Reina Lillian también han reunido su grupo de heroínas de cuento para hacerles frente...